Toutes ces institutions offrent une formation universitaire de quatre ans à temps plein, soit au moins 4 000 heures, menant au titre de docteur en naturopathie. À l'issue de leur formation, les étudiants doivent réussir l’examen du North American Board of Naturopathic Examiners avant d'obtenir une licence leur donnant le droit d'exercer.

Dans les endroits où il n'existe pas de réglementation encadrant l'exercice de la naturopathie, diverses écoles et organisations proposent des formations variées. Si certaines d'entre elles forment d'excellents conseillers en santé, leurs étudiants ne peuvent se qualifier pour l'obtention d'une licence de pratique de la naturopathie. Dans le monde francophone, on compte notamment les institutions suivantes : au Québec, l'École d'enseignement supérieur de naturopathie du Québec, l'Institut de formation naturopathique et l'Institut de Recherches Robert en Sciences Naturopathiques, en France, on peut se référer à la Fédération Française de Naturopathie ou à la Fédération Européenne de Naturopathie Vitaliste, et en Suisse, à l'Association Suisse des Écoles de Naturopathie (ASEN).